Fleroxacin chống chỉ định ở những bệnh nhân có tiền sử mẫn cảm với chất này hoặc bất kỳ thuốc nào khác trong nhóm quinolone, hoặc bất kỳ thành phần nào của thuốc. Fleroxacin, giống như các fluoroquinolone khác, có thể gây ra những thay đổi thoái hóa ở khớp giảm cân của động vật trẻ. Thuốc kháng sinh chỉ nên được sử dụng ở trẻ em khi lợi ích dự kiến lớn hơn rủi ro.